学校校区

波茨坦大学主体由三个综合校区组成（综合校区I-III），此外还有许多单体建筑，也属于大学。

综合校区

新宫综合校区I：是大学的核心校区，毗邻波茨坦无忧宫公园。学校最大的阶梯教室（Audimax）即位于此校区。新宫的标志建筑“陪宫（法语：communs）”，如今是哲学学院下的几个学院所在地。这是一座18世纪巴洛克式的建筑，拥有室外阶梯、石柱回廊、圆形穹顶和富丽堂皇的装饰，原先为新宫接待宾客和提供食宿之处，如今是校长和管理机构所在地。此外，体育学系、体育医学系以及数学系，也在新宫校区。

波茨坦大学 新宫校区

戈尔姆综合校区II：数学和自然科学学院以及人文科学学院的大多数专业都位于此校区。他们拥有非常现代和充满新意的建筑，是柏林-勃兰登堡州地区最大的科学园区之一。三家马克斯·普朗克学会的研究所和两家弗劳恩霍夫协会的研究所也位于此校区。企业孵化器“GO:IN”也在这里。

波茨坦大学 戈尔姆校区

格里布尼茨湖（德语：Griebnitzsee）巴贝斯堡综合校区III：紧邻柏林波茨坦交界处，靠近历史悠久的巴贝斯堡影视基地。法学院、经济学院、社会科学学院都在这个校区。计算机科学与计算科学研究所也位于此处，与数字工程学院的毗邻，数字工程学院是德国第一所由州立大学完全由私人资助的学院。该学院由波茨坦大学和哈索·普拉特纳软件系统技术研究所（德语：Hasso-Plattner-Institut）共同支持。

波茨坦大学 格里布尼茨湖校区

院系设置

波茨坦大学下属7个院系：

法律系

法律系的课程包括了成为一名完全法官（德语：Volljurist）所需的全部基础和必修科目，以及民法、刑法和公共法等。法学院的教研重点是法律基础、民事司法制度、经济法、国际法、公共行政，以及经济、税务、和环境刑法。此外还有区域发展学（Kommunalwissenschaft）系为区域发展领域提供的其他培训和进修，以及人类法律中心（MenschenRechtsZentrum）提供的国际关系课程。

法律系的一个全国特色专业，是和法国巴黎拉德芳斯的巴黎第十大学合作设置的“德-法法学专业”。此专业不仅提供交流项目，还在第一、二学年，为学生提供学习法国法律的机会。有关法国法律的课程，会由法国客座讲师用法语教授。法律系位于格里布尼茨湖校区。

哲学系

哲学学院由神学、犹太学、哲学、历史学、精典语言学、日耳曼语言文学、英文学、美洲学、罗曼学、斯拉夫学以及艺术和媒体专业组成。这些专业的重点研究主题，涵盖了文化变迁、生活方式、生活哲学、以及在欧洲的地域性和同一性等层面。哲学系位于新宫校区。

人文科学学院

经济和社会科学学院由企业和国民经济学、政治学、管理学和社会学系组成。其他教研重点包括革新和技术领域。人文科学学院位于戈尔姆校区。

经济与社会科学学院

波茨坦大学经济与社会科学学院成立于1991年，位于格里布尼茨湖（Griebnitzsee）。它包括经济学（工商管理和经济学），社会科学（政治和行政以及社会学）领域。

数学和自然科学学院

由生物化学、生物学、化学、食品科学、地理学、地球和环境科学、信息学、数学、物理学、天文学系，以及波茨坦植物园。重要的专业有地理生态学、地理科学、食品科学、高分子科学和软件系统工程。数学和自然科学学院位于戈尔姆校区。

数字工程学院

由波茨坦大学和哈索·普拉特纳学院（HPI）联合建立的数字工程学院是德国第一所由私人资助的公立大学的学院。该联合学院将扩展为数字工程领域的大学卓越中心，并由Hasso Plattner基金会全额资助。HPI是德国唯一一家提供“ IT系统工程” 学士学位的大学机构，该学士学位是计算机科学特别实用的工程学位。学院位于格里布尼茨湖校区。

卫生科学学院

该院正在建设中，暂未招生

该学院源自“勃兰登堡健康校园”倡议，于2018年6月成立，是由三所大学（波茨坦大学、勃兰登堡工业大学、勃兰登堡医学院）所共同建设的学院。卫生科学学院正在分阶段设立：2016年，在波茨坦设立了一个办公室，该办公室于2018年迁至波茨坦大学的格尔姆校区。研究协会于2017年成立。自2019年起，德国政府每年将为此学院提供660万欧元资金。