哥廷根科学院是1751年由英王乔治二世建立的独立的学术机构，包含文理两部，广泛吸纳国内外科学界的名人作为其成员。如今其财政直接来源于下萨克森州。它同大学一直保持着合作关系。

另外，哥廷根本市即设有5家马克斯·普朗克研究所（分别为马克斯·普朗克宗教与少数民族多元化研究所（前身为历史研究所）、马克斯·普朗克生物物理化学研究所、马克斯·普朗克实验医学研究所、马克斯·普朗克动力学研究所以及马克斯·普朗克太阳系研究所），均同哥廷根大学具有学科上的紧密合作关系，使哥廷根保持着科学研究上的领先地位。

同大学保持着紧密学术合作的还有德国太空研究中心和德国灵长类动物研究中心。哥廷根大学和南京大学有密切的合作关系，合办了中德法学研究所、中德跨文化日耳曼文学研究所以及中德社会计算研究所。

除了作为历史图书馆的宝琳娜教堂之外，设在哥廷根的下萨克森州州立暨哥廷根大学图书馆为大学及周边民众的当代公共图书馆，其藏书丰富，超过500万册，是德国当今五大图书馆之一。另外，各个系和研究所均有自己的专业图书馆。