佩皮尼昂大学下设经济法律学院、法语国家商务法国际学院、人文科学与文学学院、国际旅游饭店与运动学院、科学学院、企业管理学院、技术学院。

理学院

化学系、数学系、物理系、生命科学与天体科学系、材料科学系

文学与社会科学院

英语系、地理与领土整治系、历史、艺术史现考古系、民族语言系、应用外语系、古代文学与现代文学系、法语系、社会学系

法律与经济学院

    法律系、经济学系、社会与经济管理系、酒店、旅游与娱乐管理学院

企业管理学院

企业管理系和对外贸易系

大学技术学院

应用生物系、计算机系

企业管理学院开设企业管理和对外贸易两个专业和硕士课程(DESS)，专门招收大学本科毕业或大专毕业但有两年以上工作经验的学生入学。经一年的专业学习和3-6个月公司企业实习，提交毕业文凭并通过答辨后，被授予企业管理硕士(DESS)文凭。

佩比尼昂大学为帮助非法语国家的外国学生尽快进入专业学习，专门开设了一个针对外国学生的法语培训中心。外国学生如果法语水平达不到入学规定的要求，将被安排到该中心培训法语，培训时间将视个人的情况分为一学期或两学期。

申请就读佩比尼昂大学的中国学生将首先在该中心学习一学年法语，然后根据个人志愿进入专业学习或报读其他院校。就读法语培训中心的外国学生系佩比尼昂大学学生，享受大学生的各种优惠。