同志社作为得到高度评价的日本教育机构之一，对学生进行广泛的修养（文科）教育的同时，在商贸及科学领域也展开研究。同志社设置了神学、文学、社会学、法学、经济学、商学、政策学、国际交流学、心理学、国际地域学、文化信息学、工学、生命医科学、等各个学院。其中文学部和国际交流学部和心理学部是看板学部。

建校人新岛襄是近代日本第一个开眼看世界的人。21岁的他违反日本当时平民不得随意出国的法律以自己生命为代价偷渡美国，怀揣着基督教的梦想在美国接受基督教教义的洗礼，在阿默斯特学院学习，成为第一个在欧美获得学位的日本人。在美国供神职长达10年，期间详细研究了西方教育体系。回国后，年仅31岁的新岛以其先进的教育理念开办了这日本历史上的第一所基督教大学。大学开始仅有2名教员8名学生但这仅有的8名学生中却不乏中岛历造、元良勇次郎等日本近代社会学的先驱人物，由于新岛先进的教育理念仅用十年时间这所原本10个人的学校就发展成近1万人的大学。当时新岛博士以其良心理念教育着学生希望每一位同志社人都能怀揣良心走出校门，1880年新岛博士为平息学潮在朝会上用皮鞭抽打自己的身体而感化了学生，自责鞭事件已成为了全世界教育学界的典范。

140多年后前台湾领导人马英九先生在同志社大学演讲时依旧高度评价了存在了一百多年的新岛教育理念即以全身正气来做一个堂堂正正的人-良心教育。并如此评价同志社大学“与其说同志社大学是西日本的早稻田大学，不如说早稻田大学是东日本的同志社大学。”事实上作为关东关西两大最优秀的私立大学早稻田和同志社早在新岛时期就结下了友好交流的历史，当时曾任内阁总理大臣早稻田大学的创始人大隈重信与新岛有过友好的交流，从那时起早稻田和同志社就成为了友好学校每一年两校都互派交流学者和学生。这两所名门依旧在竞争和合作中共存。