学习院大学起源于1847年，日本仁孝天皇在京都皇宫设立了以公家为对象的贵族教育机构。不过，仁孝天皇本人于1846年去世，未能亲眼目睹学习院的竣工。 1872年，孝明天皇赐给学校一枚敕额（现保存于同大学），学校改名为京都学习院。明治维新后，华族制度制度确立，1876年（明治九年），学校改名为 "华族学校"。第二年，也就是1877年，《华族学校校规》颁布，明治天皇举行了开学典礼。翌年1877年，《华族学校学则》颁布，在明治天皇的主持下举行了盛大的开学典礼。举办时改名为“学习院”。同校将此定为建校年。原只是为由皇室设立的私塾，自1884年变为由宫内省（主管皇室及皇宫事务）所管辖的官立学校。

二战前，学习院是以"学习院学制"和"女子学习院学制"为基础的教育机构，但不为分管教育机构的文部省管辖，而隶属宫内省(现为宫内厅)管辖，原则上对贵族家庭子女免费。非贵族阶级出生的学生的入学被严格限定，并对非贵族学生收取学费。即使在1924年制度改革后，学校一直保持着以华族为主的办学特色（皇族就学令）。此外，平民等阶级之中也有例外。在某些特定情况下，即使是平民等也可以入读同校。