长崎大学前身始于1857年荷兰海军军医Pompe von Meerdervoort开办的医学传习所。 1901年设立长崎医学专门学校，1923年成为长崎医科大学。

1874年，明治政府设立小学教则讲习所，开始了师范教育。此后，1878年演变为长崎县师范学校，到1943年成为长崎师范学校。 1905年设立的长崎高等商业学校到1944年成为长崎经济专门学校。药学部始于1890年设立的第五高等中学医学部药学科，1923年成为长崎医科大学的附属药学专门部。水产学部则始于1921年在长崎师范学校里设立的长崎县实业补习学校教员培训所，到1944年成为长崎青年师范学校。长崎大学（ながさきだいがく，Nagasaki University）位于长崎县长崎市的日本国立大学、旧六所医科官立大学之一。 1949年由长崎医科大学、长崎医科大学附属药学专门部、长崎经济专门学校(二战前为长崎高等商业学校)、长崎师范学校、长崎青年师范学校、长崎高等学校合并而成。医学部前身长崎医科大学在1945年8月9日受到原子弹轰炸。