歷史沿革

• 京都帝國大學

1861年（文久元年），在長崎設立的長崎養生所（之後改稱為長崎精得館）。

1897年6月18日，根據京都帝國大學根據御令第209號設立成立，是日本建立的第二所大學，由法學院、醫學院、文學院、理工學院組成。

1899年9月，開設法學院和醫學院。

1903年4月，福岡醫科大學成立（1911年4月從京都帝國大學分離出來，隸屬於九州帝國大學）。

1906年9月，文學院成立。

1914 年 7 月，理工學院分為理學院和工學院，使大學擁有五個學院。

1919年2月，根據日本帝國大學法的頒佈，各學院改組為法學部、醫學部、工學部、文學部、科學部，次年5月設立經濟部。

1923年，農學院成立。

1924年，農學院附屬實驗農場、大學林場成立。

1926年10月，化學研究所成立。

1939年8月，人文科學研究所成立。

1941年3月，成立結核病研究所（1967年6月更名為胸病研究所，更名為前沿醫學研究所）。11月，工程研究院成立（1971年4月更名為原子能研究所，1996年5月又更名為先進能源研究所）。

1944年，木材研究所成立（2004年4月改組更名為可持續人類圈研究所）。

1946年9月，成立食品科學研究所（2001年4月因與農學研究生院合併而關閉）。  

• 京都大學

1947年10月，大學名稱中刪除“帝國”二字，京都帝國大學更名為京都大學。

1949年5月，《國立學校設置法》頒佈，京都大學由三年制大學改組為四年制大學，第三高等學校（大三高，起源可追溯到1869年在大阪成立的 Seimi-Kyoku，它是日本最早教授西方科學的機構之一）附屬於大學。9月，三中改製為通識教育，更名為文學院。同年成立第8學部教育學部。9月，京都大學分校（文庫）在舊三中校園內開設，提供文科教育。

1951年4月，設立防災研究所。

1953年4月，根據新的國家教育條例，京都大學研究生院制度成立，在文學、教育、法學、經濟學、理學、藥學、工學和農業研究科提供更系統的研究生教育。8月，成立基礎物理研究所（1990年6月更名為湯川理論物理研究所）。

1954年4月，文庫更名為文理學院。

1955年7月，教育法修改後設立醫學研究科，醫學研究生院成立。

1956年4月，成立病毒研究所。

1960 年 4 月，醫學院分為兩個新機構。一個保留了醫學院的名稱，第二個被命名為藥學院。

1962年4月，經濟研究所成立。

1963年4月，數學科學研究所成立。

1965年4月，東南研究中心成立。

1967年6月，靈長類研究所成立。

1969年4月，數據處理中心成立（2002年4月重組並命名為計算和多媒體研究學術中心）。

1971年4月，放射性同位素研究中心成立。

1972年，體育科學研究中心成立。

1975年4月，醫學技術學院成立。

1976年，等離子體物理實驗室成立。

1978年4月，信息處理教育中心成立（1997年4月重組更名為信息與多媒體研究中心，2002年4月重組更名為計算與多媒體研究學術中心）。

1980年4月，醫用高分子與生物材料研究中心成立（1990年6月改制，更名為生物醫學工程研究中心。1998 年 5 月關閉並與 Frontier Medical Sciences 合併）。

1981年4月，無線電大氣科學中心成立（2000年4月改組更名為空間與大氣射電科學中心，2004年4月改組更名為可持續人類圈研究所）。

1986年4月，成立非洲地區研究中心。

1991年4月，人類與環境研究科、生態研究中心成立。

1992年10月，文理學院重組為該大學的第10個學院，並命名為綜合人類研究學院。

1994年6月，高等教育研究中心成立。

1996年，成立能源科學研究生院，取代等離子體物理實驗室。重組原子能研究所，更名為先進能源研究所。非洲地區研究中心重新建立為校內機構。

1998年，亞非地區研究科成立。信息學研究生院成立。胸部疾病研究所改制並更名為前沿醫學研究所。生物醫學工程研究中心關閉。

1999年4月，生物研究生院成立。

2000年4月，射電大氣科學中心改製為空間大氣射電科學中心，2004年4月改製為可持續人類圈研究所。

2001年4月，食品科學研究所關閉並與農學研究生院合併。

2002年3月，數據收集和分析中心成立。4月，設立地球環境研究科、地球環境研究館，數據處理中心和信息與多媒體研究中心重組並更名為計算與多媒體研究學術中心，低温與材料科學研究中心成立，成立福井基礎化學研究所。

2003年4月，高等教育卓越促進研究所成立，高等教育卓越促進中心成立，高等教育研究中心關閉，成立野外科學教育研究中心，農學研究科附屬實驗農場、大學林關閉，體育科學研究中心關閉。10月，健康科學學院醫學院成立。

2004年4月，實施國立大學法人法，規定京都大學改組為國立大學法人，京都大學法學院成立，伍德研究所和空間與大氣無線電科學中心進行了重組，並更名為可持續人類圈研究所，分子生物學和遺傳學中心關閉。12月，數據收集和分析中心關閉。

2005年4月，國際創新組織成立，國際關係促進組織成立，信息管理與通信研究所成立，成立職業健康、安全及環境管理機構，圖書館網絡成立，學生交流中心更名為國際中心。

2006年4月，政府學院成立，管理研究生院成立，綜合區域研究中心成立，納米醫學合併教育單位成立，可持續發展科學研究所成立。7月，京都大學下一代先驅研究機構成立。

2007年4月，Kokoro研究中心成立，先進醫學工程研究室成立，青年生命科學職業發展促進組成立，醫學技術學院關閉。

2008年4月，野生動物研究中心成立，考古行動中心重組並更名為文化遺產研究中心，空間協同研究組成立。

2010年3月，跨學科教育與研究促進中心成立。4月，iPS細胞研究與應用中心成立。

2012年4月，青年研究人員發展中心更名為白備高級研究中心。

2013年4月，文理學院成立。

2016年4月，高等研究院成立。10月，病毒研究所和前沿醫學研究所重組，更名為前沿生命醫學研究所。  

2017年，獲選為首批頂尖大學“指定國立大學法人”。