澳門科技大學中藥質量研究國家重點實驗室由國家科技部批准，於2011年1月25日正式掛牌成立，是我國中醫藥領域成立的首個國家重點實驗室。 2014年1月通過了三年建設期驗收，2017年7月通過了發展期第一階段驗收，獲得專家組的一致好評。

中藥質量研究國家重點實驗室的成立是中央政府致力推進中醫藥國際化發展，促進澳門經濟發展適度多元化和提升澳門科技水平的重要舉措。實驗室以成為具有國際先進水平的中藥質量和創新藥物研究基地、獲取原始創新研究成果和自主知識產權、匯聚和培育中醫藥優秀人才以及拓展國際高水平學術交流與合作為目標，注重集成多學科的前沿技術，建立適合中藥質量及創新藥物研究的開放式科學技術平台，深入開展探索性、創新性和重大關鍵技術研究。

重點實驗室特別注重集成與融合多學科的前沿技術開展中醫藥融合創新研究，聚焦中藥材和中藥複方質量控制與優化的創新技術與方法以及優質中藥新藥研發的關鍵技術和質量標準兩大研究方向，重點開展四個領域的研究，即基於“三多”特徵的中藥質量控制創新技術及理論基礎研究;人參等貴重中藥材質量評價與開發利用研究；抗癌及抗炎免疫中藥質量標準及其應用研究；腦神經退化和代謝性疾病創新中藥的研發技術與質量標準研究。

因應實驗室的發展目標和主要研究領域，實驗室目前下設8個研究室和5個研究中心：中藥質量控制與評價技術研究室、中藥化學與生物有機化學研究室、中藥活性評價及分子藥理研究室、中藥製劑新技術與新劑型研究室、組學技術與創新藥物研究中心、澳門質譜及核磁共振廣譜測試中心、中藥及食品安全與質量檢定中心、結構生物學與智能化藥物設計實驗室、轉化醫學動物實驗室、離子通道生物物理和創新藥物研發實驗室、埃爾文內爾博士生物理與創新藥物實驗室、澳門創新中藥與產業化技術創新中心、澳門中藥國際標準中心。

實驗室擁有一系列先進、精良、高端的實驗儀器設備和系統，包括各類液相/質譜和氣相/質譜聯用儀近30台及一系列進行整體動物-細胞-分子水平的藥物生物活性評價研究所需的最高端的化學分析和系統生物學組學技術研究設備，如飛行時間二次離子質譜儀，Bruker 600MHz超導核磁共振波譜儀，基質輔助激光解吸/電離飛行時間質譜儀，Agilent 1290 Infinity UHPLC-布魯克QTOF液質聯用儀，Agilent液質聯用儀包括三重四極桿液質液聯用儀（6460,6490,6495 Triple Quad LC/MS），飛行時間液質聯用儀(6230 TOF LC/MS)，四極桿飛行時間液質聯用儀（6545Q-TOF LC/MS，6550 iFunnel Q-TOF LC/MS），Agilent 7900電感耦合等離子體質譜儀，J-1500型高性能圓二色光譜儀，PacBio第三代測序儀，小動物活體成像儀和Micro-CT，Helios質譜流式細胞儀，膜片鉗系統，計算機輔助藥物設計大規模計算機集群，FLIPR Tetra高通量細胞水平篩選系統，Octet RED96生物分子相互作用系統，BD FACSAriaIII流式細胞儀，IN Cell 6000高內涵細胞成像分析儀，Leica TCS SP8鐳射掃描共聚焦顯微鏡系統,高解析度片層掃描顯微鏡，DeltaVision活細胞螢光成像系統等。

目前，實驗室已創建的高新技術平台主要有：天然化合物分離和結構鑑定技術、中藥鑑定基因條碼技術、亞細胞及分子顯微可視化技術、生物有機化學技術、糖/糖肽組學分析研究技術、脂組學分析研究技術、蛋白質組學分析研究技術、幹細胞分析研究技術、中藥納米製劑技術、微流控芯片鑄造及研究、單細胞研究、基於納米材料的抗腫瘤藥物靶向輸送技術、藥物篩选和設計及醫藥大數據，中藥成分細胞內藥動學研究技術。

目前實驗室具體研究方向主要有：從外排轉運蛋白、線粒體分裂及與腸道菌群相互作用等新角度，發現中藥成分的新藥理作用，中藥複方抗流感的優勢研究，中藥小分子對糖尿病及炎症疾病作用的多靶點機制，以及基於三多特徵的創新研究方法；基於藥效學-藥代動力學-質譜分析三結合的質量評價方法，人參皂苷對腸道微生物的藥理作用及防治缺血性心髒病的作用機制，新型人參皂苷的抗腫瘤作用及機制，基於組學技術的人參等貴重藥材質量控制評價方法；醣脂組學等新技術發現類風濕性關節炎等自身免疫性疾病新的診斷標誌物的發現和應用研究，分子模擬對接方法篩選具抗癌抗炎活性中藥小分子，抗癌及抗炎免疫治療新機制，抗炎免疫新模式動物模型以及基於組學技術的研究方法；從中藥中發現抗腦神經退化的活性成分、抗神經退化活性小分子化合物的合成、朊蛋白致病性突變對其折疊和聚集機制的影響、胰島澱粉樣蛋白上中藥小分子的結合位點；以及生物物理與中醫藥研究等。

重點實驗室近年來積極開展交流與合作，已與17間知名教研機構建立聯合實驗室或研究中心；定期與澳門科技發展基金以及“兩岸四地中醫藥科技合作中心”共同舉辦學術會議及研修班。實驗室亦致力於推動中藥國際標準化及拓展高技術服務，已成立澳門中藥國際標準中心，推動建立中藥國際標準，負責國際標準組織（ISO）中醫藥技術委員會（TC249）中藥材工作組（WG1）運作；實驗室已獲得澳大利亞NATA/ISO17025認證，可為兩岸四地科研機構及企業提供符合國際ISO標準的中藥產品及食品檢測服務。