博茨瓦纳大学肇始于1964年由贝专纳（今波札那）、巴苏陀兰（今莱索托）和英属斯威士兰三个大英帝国殖民地合作建立的联合大学（英语：University of Botswana, Lesotho and Swaziland），1966年以后，波札那、莱索托与斯威士兰相继脱离大英帝国独立，但三国独立后，教育水平仍然有限、并缺乏独立办学的条件，在三国政府对高等教育发展的支持下，三国继续联合举办大学；1975年，莱索托退出联合大学，学校由波札那与史瓦帝尼两国合办。 1982年，联合大学宣告解体，其位于波札那的校区成立博茨瓦纳大学；而位于史瓦帝尼的校区则成立史瓦济兰大学。博茨瓦纳大学也由此成为博茨瓦纳的第一所大学。