东方大学的历史始于 1946 年 9 月，在马尼拉 Dasmariñas 街的一间出租屋内，110 名学生就读于注册会计师 (CPA) 复习班。由 Francisco T. Dalupan, Sr.博士领导的商业教师小组开始了这些课程，他们的目标是帮助这个仍在战争中挣扎的国家。在 110 名学生中，有 4 人在 1947 年注册会计师委员会考试中名列前茅。

1946 年 9 月 11 日，五位教育家——Francisco T. Dalupan Sr. 博士、Hermengildo B. Reyes 博士、JoséL. Torres、Enid Mapa 和 Santiago de la Cruz——成立了菲律宾商业和工商管理学院 (PCCBA) )。1947 年夏天，PCCBA 招收了 350 名学生。1948 年，更多的学生入学，并组织了更多的学术单位，PCCBA 搬到了现在的 UE 主校区，位于 2219 Claro M. Recto Avenue。

PCCBA 校友在政府的会计考试中表现出色。由于这一成功，政府授予 PCCBA 建立其他学院的许可，从而建立了文学院、工商管理学院、牙科学院和工商管理研究生院。PCCBA 于 1951 年 7 月 4 日获得大学地位，并更名为东方大学。Dalupan 成为 UE 的第一任总裁兼董事会主席。董事会的第一批成员是商人、学者、菲律宾大学前副校长 Hermenegildo Balbino Reyes 博士；Santiago F. de la Cruz 注册会计师和商业主管，前财政部长 Jaime Hernández。随后几年，法学院、医学学院和工程学院以及教育研究生院相继成立。研究生院后来与工商管理研究生院合并。

1954 年 6 月，UE 在 Caloocan 的 Samson 路沿线的 4.86 公顷土地上开设了一个新校区，称为 UETech。UE Caloocan 现在在学术上是自治的，由校长领导。新的陈仁基学术大楼设有文理学院、工商管理学院和美术学院，而工程学院则拥有自己的大楼。UE Caloocan 场地自 1986 年以来一直用于ROTC 和 CAT 教学。

1955 年，UE 在奎松市的奥罗拉大道沿线购买了一块一公顷的土地，并在那里建立了医学院。

1957 年5 月 17 日，学院被改建为基金会，并命名为 UE Ramon Magsaysay 纪念医疗中心(UERMMMC)。

1962 年，该大学在 UERMMMC 购买了一块 5,850 平方米（63,000 平方英尺）的地块。这成为科学、人文和文化研究中心，这里有两座建筑。一间设有音乐与艺术学院和芭蕾舞学校，另一间设有牙科学院和研究实验室。音乐与艺术学院，现为美术学院，于 1981 年迁至 Caloocan 校区。1960 年代中期，Dalupan 委托国家艺术家 Guillermo Tolentino 以 CBA 学生 Ophelia 的形象创作每个 UEian 的象征，即 Lualhati 萨拉斯。牙科学院于 1988-1989 学年迁至 Recto（马尼拉）校区。