维尔纽斯大学被称为培养立陶宛民族精英的摇篮。大学校舍占据了维尔纽斯市老城的主要街区，毗邻的是维尔纽斯大教堂广场和耸立在市中心的盖迪米诺城堡。登城堡鸟瞰，环抱大学的是古老的比列斯步行街和乳白色的总统府。大学建筑集哥特、巴洛克、文艺复兴和古典风格于一体。现在这里仅仅是大学的本部，大约五分之一的的学生在本部上课，校长办公室、图书馆也都设在这里，其他各系被安置在市郊新建的现代化大学城。远在1568年，立陶宛贵族议会就通过决议，要创办立陶宛高等专科学校。立陶宛大公批准了这一决议。他委派主教徒和耶稣教徒在1570年开办了立陶宛高等学校。但上述教徒并不满足于这一首创活动。当时还有一所柯尼斯堡大学，与立陶宛毗邻。为了和它展开竞争，教徒们决定把立陶宛高等学校升格为大学。就这样，在1579年按照立陶宛大公的旨意成立了维尔纽斯大学，它是当时东欧地区的最高学府，享有盛誉。起初，这所大学设两个系：哲学系和神学系。按照校规，哲学系毕业并信仰天主教的学生才能转入神学系学习。当时学校所开设的古典语文很受欢迎，因为通过这门课程学习可以掌握拉丁语，借助这门语言可以通修其他各门课程。在初始阶段，学校的发展比较平稳。