马来亚大学的前身是1905年成立的爱德华七世国王医学院和1929年成立的莱佛士学院，并于1949年10月8日合并成立了马来亚大学。1956年在新加坡和吉隆坡分别设立了两所分院。1960年，马来西亚联邦政府表示两个校区将会分离并成为两所互不隶属的国立大学，位于吉隆坡的校区保留了马大的名称，而位于新加坡的校区则更名为新加坡大学。1965年，新加坡从马来西亚独立后，新加坡大学更名为新加坡国立大学。1973 年，马来亚大学农业系与马来亚农业学院合并为马来西亚农业大学（现：马来西亚博特拉大学）。

1961 年 1 月 1 日，马来亚大学由爱德华七世王学院和莱佛士学院合并而成立，总校位于首都吉隆坡班台谷（Lembah Pantai），另有分校位于吉兰丹州和吉隆坡市中心。旧马来亚大学成立于 1949 年 10 月 8 日，主要是为当时的马来亚和新加坡培养高级人才。马来亚大学是马来西亚一所环太平洋大学联盟（APRU，Association of Pacific Rim Universities）成员大学，也是“21世纪海上丝绸之路”大学联盟成员，与海内外著名学府都有着广泛的联系。同时，马大也是多个联盟成员，如全球产学未来人才培育策略联盟 [13] （UAiTED）成员，UAiTED是由十六所来自来自新加坡，香港，台湾及马来西亚多所著名大学所组成的大学联盟；马大也是东盟大学联盟（英语：ASEAN University Network；缩写：AUN）成员。