1991年，南洋理工学院与国立教育学院合并重组，成立南洋理工大学。1996年，原南洋大学的校友名录转入南洋理工大学。

2006年，南洋理工大学成为一所自治大学。

2015年12月，南洋理工大学参与建设的中新国际联合研究院举行授牌仪式。中新国际联合研究院是由中国国家主席习近平和新加坡总理李显龙见证签署的两国间的重大科技合作项目，由中新广州知识城管理委员会、华南理工大学、新加坡南洋理工大学、中新广州知识城投资开发有限公司共同建设，依托中新广州知识城，是汇聚世界一流研发资源的重大国际科技合作平台。