陽明交通大學合校2年多，近期不少學生及校友投訴指稱，學校的行政機關在各個公開場合，都改以地名或路名來區分校區，原本的陽明校區改稱「北投校區」、交大校區改稱「光復校區」或「博愛校區」等，學生認為校方的做法未取得學生或教職員認同或經校級會議討論，要求校方在未取得教職員及學生認同前，應停止以路名或地名做為校區劃分。

陽明交通大學合校後的校區共有7個，包括六家校區位在新竹縣竹北市、北門校區位在台北市忠孝西路、光復校區位在新竹市大學路、陽明校區位在台北市北投區、博愛校區位在新竹市博愛街、歸仁校區位在台南市歸仁區、蘭陽校區位在宜蘭縣宜蘭市新民路等，此外，尚有即將成立的士林校區與青埔校區。

校方的做法與目的是希望透過校區的劃分，將原屬陽明大學的陽明校區與原屬交通大學的交大校區的校區意識形態日漸淡化，最後改以地理位置來區分陽明交大七大校區（或未來的九大校區）。

陽明交大表示，因學校校區遼闊，校區名稱在合校初期主要依據合校計畫書的名稱，但實務上校內師生都有混用原有校名情形，學校也尊重每個人稱呼校區名稱的想法，目前校區名稱並未確定，校方理解師生訴求，會在校內溝通取得共識後再確定。

陽明交大校方這項做法也引發學生及教職員不滿，有的認為「光復校區」的劃分與交通大學的歷史並無關聯，卻可能切斷與交通大學的連結。另陽明校區校友與學生也認為「北投校區」與陽明大學的連結不足，包括原陽明大學的學生會和交通大學的學生都認為學校的這項做法，並未在任何校級公開會議上討論，且未取得各校區全體教職員工生的認同，除表達抗議，也呼籲校方在取得認同前，應停止在任何公開場合以未經師生同意的各校區形式對外稱呼，並認為校區的命名獨立於兩校區的意識型態消弭並無助於降低隔閡。