隸屬於體育學院，創於1987年， 乃本校第一個研究所，注重人文素養，學術研究與實務專業並進。課程分為三個學群︰運動教育學群，致力於運動教育學、體育課程與教學、體育教師專業與發展；運動社會學群，致力於運動社會學、運動媒體與文化、國際運動組織；運動心理學群，致力於競技與健身運動心理學、心理計量與統計學 。邱炳坤校長提倡「讓運動成為文化」，體研所是這項遠大目標的重要推手。

具備運動人文與社會科學之學術與研究涵養、希望為體育運動發展有所貢獻、從事體育運動領域相關工作者，皆適合前來報考，攻讀期間將奠定體育理論與學術基礎涵養，培養實務問題的解決能力，許多大專院校及研究單位之優秀人才出自本所。畢業生大都對職涯有清楚認知，高等體育教育、體育行政、運動休閒產業、基層體育教師等，是最受歡迎的出路。

隸屬於競技學院，適合各類運動員及教練前來進修，以科學方法提升競技實力。國體大邱炳坤校長表示，專業教練光具備競賽技巧是不夠的，若善用運動心理學，可指導選手在緊張時透過呼吸、肌肉放鬆與冥想來緩解壓力；若善用營養學，可於不同階段給予客製化營養配比，維持最佳體能卻不造成代謝負擔。這些專業力能幫助選手在運動生涯走得更長遠。

除了亞奧運一流選手、各級體育教師或教練、體育相關科系畢業生，本所尚有運動科學、運動醫學等人才前來報考，修業期間將輔導報考各種專業證照，培育全方位人才。未來以從事教育及訓練工作居多，諸如大專校院教師、中小學體育老師、專任運動教練等。本所隨時掌握國際最新競技訓練趨勢與方法，培養高級教練及教練科學研究人員，強化國家運動競技能力，為國爭光。

隸屬於健康學院，為國內第一所運動科學研究所，部分課程和競技與教練科學研究所相似，但服務對象有別。運動科學研究所旨在幫助普羅大眾，常有跨域合作的機會，包括醫學大學、工研院、科技部、國際藥廠都常對本所發出邀請。邱炳坤校長指出運動科學的範疇極廣，例如高蛋白的研究能增加肌肉量，可望改善高齡者的肌少症；運動營養品的研究，讓營養學達到科技化與客製化的雙重優勢，且兼具美味。