剑桥大学成立于公元1209年，最早是由一批为躲避殴斗而从牛津大学（University of Oxford）逃离出来的老师建立的。

12世纪，方济会修士、本笃会修士和圣衣会修士，来到这片平坦、潮湿的沼泽区定居，剑桥郡由此诞生。

1209年，牛津大学的两名经院派哲学家被控谋杀了一名妓女，牛津郡法庭将他们判处绞刑。为了表示抗议，牛津教师们有一段时间停止授课，纷纷离去，其中一部分人来到了剑桥郡，创建了剑桥大学。

1225年左右，剑桥的教师们就从他们当中选出了一位校长，他的权力得到了亨利三世国王的批准，大学的自主管理就由此而来。不久之后，1233年，格雷戈尔九世教皇也批准了，这种教会特权牛津直到1254年才享受到，亨利三世及其继承人的法令确保了这两所大学的垄断地位。一直到19世纪，整整六百年，牛津和剑桥都是英国仅有的大学。欧洲其它地方没有哪里有这种垄断的。跟牛津一样，剑桥的这所大学一开始也没有自己的房子。他们在租来的房子里讲课和生活，哪里有地方就在哪里。大学生们从一开始就住在旅舍里，由店主负责监督。

1231年，亨利三世国王在授予剑桥教学垄断权。