牛津共有39个学院，它们和学校的关系就像美国中央政府与地方政府的关系那样采用联邦制形式。每一所学院都由 Dean 和 Fellows 管理，他们都是各种学术领域的专家，其中大多数在学校都有职位。除此以外，还有6个准学院——称为“永久性私人学堂”（Permanent Private Halls），为各宗教教派所办——到如今还保留着它们的宗教特许状。

在39个学院中，万灵学院没有学生，只有学者（包括访问学者）。各学院规模不等，但都在500人以下，学生与学者均来自不同的专业学科。

牛津的学院系统产生于大学诞生之时，并逐渐成为牛津市独立机构的集合体。