牛津共有39个学院，它们和学校的关系就像美国中央政府与地方政府的关系那样采用联邦制形式。每一所学院都由 Dean 和 Fellows 管理，他们都是各种学术领域的专家，其中大多数在学校都有职位。除此以外，还有6个准学院——称为“永久性私人学堂”（Permanent Private Halls），为各宗教教派所办——到如今还保留着它们的宗教特许状。正是在中世纪，那些思想活跃、生活不羁、常赊欠债务的青年学生，不可避免地与当地居民发生冲突。其中最大的一次冲突，几百名学生被乱箭射死。这件事的结果是国王出面镇压，并判市民赔偿牛津大学500年费用。

构成牛津大学的学院有许多在13至16世纪之间创立，基督教会学院是1525年渥西枢机主教创建，作为培训主教的教会学院。汤姆方园里的塔楼上半部是列恩在1682年建造，为本市最大型塔楼。

1648年汤姆大钟挂上时，学院共有101名学生，因此在晚上9：05分（牛津的时间比格林威治慢5分钟）大钟敲101下，提醒学生注意宵禁（1963年起不再实施）。

大学学院(University College)是牛津最古老的学院(1249年)，也有说法是默顿学院(Merton College )（1264年）。其它有新学院（1379年）、皇后学院（1695年）等。

17世纪内战期间许多战役在牛津附近开打，此地曾为受学生支持的查理一世的总司令部。当保皇党员被迫逃离牛津时，克伦威尔自封为大学的校长。