牛津是泰晤士河谷地的主要城市，传说是古代牛群涉水而过的地方，因而取名牛津（Oxford）。牛津向来是伦敦西行路线上的重点，早在1096年，就已有人在牛津讲学。

在12世纪之前，英国是没有大学的，人们都是去法国和其它欧陆国家求学。

1167年，当时的英格兰国王同法兰西国王发生争吵，英王一气之下，把寄读于巴黎大学的英国学者召回，禁止他们再去巴黎大学。另一说法是，法王一气之下，把英国学者从巴黎大学赶回英国。不管如何，这些学者从巴黎回国，聚集于牛津，在天主教本笃会的协助下，从事经院哲学的教学与研究。于是人们开始把牛津作为一个“总学”，这实际上就是牛津大学的前身。学者们之所以会聚集在牛津，是由于当时亨利二世把他的一个宫殿建在牛津，学者们为取得国王的保护，就来到了这里。

12世纪末，牛津被称为“师生大学”。

1201年，牛津有了第一位校长。

1209年，在牛津学生与镇民的冲突事件过后，一些牛津的学者迁离至东北方的由方济会，本笃会和圣衣会修士建立的剑桥镇，并成立剑桥大学。自此之后，两间大学彼此之间展开相当悠久的竞争岁月。

1214年6月20日，经过一名教皇使节的磋商，大学重新回到了牛津，并得到了特许。牛津大学的身份直到1571年通过的一项法案而得到正式的确定。[10]

正是在中世纪，那些思想活跃、生活不羁、常赊欠债务的青年学生，不可避免地与当地居民发生冲突。其中最大的一次冲突，几百名学生被乱箭射死。这件事的结果是国王出面镇压，并判市民赔偿牛津大学500年费用。

构成牛津大学的学院有许多在13至16世纪之间创立，基督教会学院是1525年渥西枢机主教创建，作为培训主教的教会学院。汤姆方园里的塔楼上半部是列恩在1682年建造，为本市最大型塔楼。

牛津大学

1648年汤姆大钟挂上时，学院共有101名学生，因此在晚上9：05分（牛津的时间比格林威治慢5分钟）大钟敲101下，提醒学生注意宵禁（1963年起不再实施）。

大学学院(University Colleage)是牛津最古老的学院(1249年)，也有说法是默顿学院(Merton Colleage )（1264年）。其它有新学院（1379年）、皇后学院（1695年）等。

17世纪内战期间许多战役在牛津附近开打，此地曾为受学生支持的查理一世的总司令部。当保皇党员被迫逃离牛津时，克伦威尔自封为大学的校长。

2001至2002学年，在牛津大学就读的学生总数超过1.65万人，其中来自130多个国家的外国留学生占了1/3，在校研究生的数目约为5000人。

2020年5月15日英国牛津大学首次与中国西部高校在医学领域共建的科研合作平台--四川大学—牛津大学华西消化道肿瘤联合研究中心签约并揭牌。签约仪式采用视频连线的方式进行。