该大学由陆伊莎·史蒂文森和克利斯蒂安·怀特（Christian Guthrie Wright）成立于1875年，当时称爱丁堡烹饪及家政学校（The Edinburgh School of Cookery and Domestic Economy）， 这二人都是爱丁堡女子教育协会的成员，因此最初也是女子学院。1891年学校搬至Atholl Crescent，拓展了其课程并开始为学生提供住宿。1909年，被置于苏格兰教育部管辖之下。第一任校监是Ethel De la Cour。 此人在1930年退休，同年大学改名爱丁堡家政学院（ Edinburgh College of Domestic Science）。1961年有了Corstorphine校区，此校区在1970年由爱丽斯王妃剪彩，公爵夫人到2004年去世为止一直是该大学赞助人 1972年，改名玛格丽特皇后学院（Queen Margaret College）。 随后扩展了特别是在护理与医疗保健方面的学科，以下是被吸纳入该大学的教育机构：爱丁堡演讲与戏剧学院（Edinburgh College of Speech and Drama，1929年建，1971年加入）爱丁堡言语治疗学校（Edinburgh School of Speech Therapy，1946年建，1975年加入）爱丁堡皇家医院理疗学校（Royal Infirmary of Edinburgh School of Physiotherapy，1940年建，1978年加入）阿斯特利安斯利医院职业治疗训练中心（Astley Ainslie Hospital Occupational Therapy Training Centre，1937年建，1979年加入）爱丁堡足疗所和足疗学校（Edinburgh Foot Clinic and School of Chiropody，1924年建，1984年加入）爱丁堡放射照相术学校（Edinburgh School of Radiography，1936年建，1992年加入）爱丁堡大学艺术疗法学校（Edinburgh University Settlement School of Art Therapy，1992年建，1997年加入）1992年，枢密院授予玛格丽特皇后学院颁发自己部份学位的资格，1998年获得全部学位颁发资格。 1999年改名玛格丽特皇后大学学院（ Queen Margaret University College），2007年1月改现名。