伯克利音乐学院最开始只讲授当时还不登大雅之堂的爵士音乐。但随着爵士音乐的变化与发展，该学院吸引了越来越多的有志于现代音乐的学生。到了50年代，伯克利音乐学院开设的课程又增添了乡村音乐、蓝调以及摇滚乐。 60年代，伯克利音乐学院增添了通俗歌曲写作课程，使音乐创作者能够充分利用先进的技术设备和音乐制作室来录制他们的作品。到了90年代，伯克利音乐学院又设置了音乐商业企业管理专业，以培养懂音乐又懂市场行销的现代商业管理人才。此后，随着音乐疗法在美国的兴起，伯克利音乐学院又设立了相应专业。 2012年学院设立了西班牙校区。 2016年，美国流行音乐学院-伯克利音乐学院与古典音乐学院-波士顿音乐学院正式宣布合并，并在伯克利音乐学院表演中心举办签字仪式。两校于2016年6月正式合并，合并后的学校名称为伯克利音乐学院，原波士顿音乐学院改名为伯克利波士顿音乐学院（The Boston Conservatory at Berklee）。合并后，两校将共享教学资源，但在招生录取和学科管理方面仍然保持相对独立。