加州大学圣地亚哥分校的历史可以追溯到19世纪末。当时，加州大学伯克利分校的动物学家们正在寻找一个合适的地点建立一个海洋野外考察站，他们发现圣地亚哥的拉荷亚地区是一个非常理想的地点。1912年，他们建立的这个设施成为加州大学的一部分，并最终命名为斯克利普斯海洋研究所。20世纪50年代末，当加州大学的校务决定在这一地区设立一个新校区时，斯克利普斯海洋研究所形成了新校区的核心。1964年，学校招收了第一批本科生。除了配色的细微区别和底部校区字样，加州大学各个校区的校徽（seal）基本一致，以发光的星星、翻开的书本和“LET THERE BE LIGHT”的校徽为主体图形，加州大学圣迭戈分校的徽标采用海军蓝和金黄配色。

2017年12月，加州大学圣迭戈分校更换了更简洁的新校徽，新校徽是字型校徽，由其英文名称的简称组成。