哈佛大学最初在1636年由马萨诸塞州殖民地立法机关立案成立，成为全美第一所高等教育机构，当时称之为“新学院”或“新市民学院”。后来在1639年3月13日改名为“哈佛学院”，这是为感谢及纪念时为英国剑桥大学校友及牧师的约翰·哈佛，对有关学院的慷慨捐助（这同时也是马萨诸塞州剑桥市的命名由来），这些捐赠品包括四百多本书籍及779英镑，这些差不多是他一半的家产。^[22] 1650年哈佛学院成立其法人机构，在早期也培养很多相关人才。^[23] 哈佛学院当时主要模仿英国大学的模式办学，很多学院里面的领导人均远赴剑桥大学学习，但当地清教徒的哲学思想却获得保留。虽说哈佛学院没有和任何宗教组织联系，但不少早期的毕业生均赴新英格兰当神职人员，^[24] 以至于当时所有的宣传小册子均将哈佛学院的成立，描述为“成立学院促进学问并将其传承给子孙后代，是担心现在的牧师们都葬身尘埃时，给教会留下一群文盲神职人员。”。^[25] 学院的领导者一直都是神职人员，直到1708年第一个非清教徒成员的校长上任，哈佛才从清教徒思想的管制中独立出来。

1805年，哈佛由一位论派者，亨利·威尔接手管理，这也使美国的教育机构开始世俗化，而哈佛在1850年代开始被指是“一位论派的梵蒂冈”。他们与联邦党结盟，并开办很多机构，以扩大其政治及文化势力。与此同时，一些神学的保守派人士则利用大众传媒，抨击对方企图凝聚寡头政治文化及破坏美利坚合众国宪法的政治原则。^[26]

1846年瑞士科学家路易斯（Louis Agassiz）到访哈佛及纽约市，受到当地学生们的赞赏。他提倡“超越物质自然，理解智慧存在”，并认为物体的架构及转变均建基于其原型^{[注 2]}。这与哈佛当时的两名参与课程编制的老师—托马斯·里德及杜格尔德·斯图尔特的看法一致，故使其思想得以扩大并得到更多当地人的支持。^[27]

1869年到1909年，查尔斯·艾略特在任校长期间，将课程中固有的基督教文化成分删去，让学生能自愿及选择性地去学习相关的宗教文化。^[28] 他也将哈佛各个书院以及学术机构综合成一所研究型大学，改革措施包括小班授课以及入学考试，这些模式也影响美国国家的高等和基础教育政策。