加利福尼亚大学圣迭戈分校正式成立于1960年，前身是建于1903年的斯克利普斯海洋研究所，如今已经发展为生物学、海洋科学、地球科学、计算机科学、心理学、政治学、经济学等众多领域的学术重镇。根据美国国家科学基金会数据，学校的年均科研资金高达19亿美元，位居全美第五，加州大学系统首位。

20世纪中叶，加利福尼亚州政府不惜成本，投入大量资金，以加州理工学院为楷模，于南加州地区圣迭戈市创建了一座高水平的以理工科为主干的加州大学（UC）校区，这就是加州大学圣地亚哥分校（UCSD）。虽然成立较晚，但该校其实是以世界顶级的斯克利普斯海洋研究所（始建于20世纪初）以及圣迭戈市医学体系为主体建立的。

20世纪70年代的UCSD加州大学圣地亚哥分校的历史可以追溯到19世纪末。当时，加州大学伯克利分校的动物学家们正在寻找一个合适的地点建立一个海洋野外考察站，他们发现圣地亚哥的拉荷亚地区是一个非常理想的地点。1912年，他们建立的这个设施成为加州大学的一部分，并最终命名为斯克利普斯海洋研究所。20世纪50年代末，当加州大学的校务决定在这一地区设立一个新校区时，斯克利普斯海洋研究所形成了新校区的核心。1964年，学校招收了第一批本科生。