印度尼西亚大学的历史可以追溯到1851年。当时，荷兰东印度群岛殖民政府建立了一所学校来培训医疗助手。培训持续了两年，毕业生获得了提供基本医疗服务的认证。授予学位的是Javanese Doctor，因为这些毕业生仅获得认证才能在荷兰东印度群岛（尤其是Java）开放其业务。该计划变得更加全面；到1864年，它扩展到三年课程。到1875年，学习课程已达到7年，毕业生拥有医学博士学位。

1898年，当时荷兰东印度群岛政府建立了一家新的学校来培训医生，名为STOVIA（学校是Opleiding van Inlandsche Artsen学校）。一所学校大楼于1902年3月开放，现在是国家博物馆。进入STOVIA的前提条件大致相当于初中文凭。上学时间为9年，因此是高中和大学教育的结合。后来，许多STOVIA毕业生在印度尼西亚的民族独立运动以及印度尼西亚的医学教育发展中发挥了重要作用。

1924年，殖民地政府决定开设一个新的高等教育机构，即RHS（Rechts Hogeschool），以培训文职人员和公务员。 RHS随后将发展为法学院。 1927年，STOVIA的身份更改为完整的高等教育机构，其名称更改为GHS（Geneeskundige Hogeschool）。 GHS占用了与当前医学院相同的主楼，并使用了同一家教学医院。许多GHS校友后来将在建立印尼大学方面发挥作用。

印度尼西亚获得独立后，在雅加达成立了印度尼西亚高等教育学院（BPTRI），该学院由三个学院组成：医学和药学，文学与法学。该研究所在同年培养了首批90名研究生作为医学博士。 1945年末，荷兰殖民军占领了雅加达，BPTRI迁到了Klaten，Surakarta，Yogyakarta，泗水和Malang。 1946年，荷兰殖民政府在雅加达建立了Nood大学或紧急大学。 1947年，该名称更改为Universiteit vanIndonesië（UVI）或Universitas Indonesia。印度尼西亚民族革命之后，政府于1950年2月在雅加达建立了国立大学。名称为印度尼西亚大学，由BPTRI单位和前UVI组成，后来改为Universitas Indonesia（UI）。