夸祖鲁-纳塔尔大学成立于2004年1月1日，由纳塔尔大学（University of Natal）和德班-韦斯特维尔大学（University of Durban-Westville）合并而成。新大学汇集了两所前大学的历史。

德班-韦斯特维尔大学成立于1960年代，当时是位于德班湾（Durban Bay）索尔兹伯里岛（Salisbury Island）的印第安人大学学院（University College for Indians）。由于国大党联盟回避种族隔离结构的政策，整个1960年代的学生人数都很低。这项政策在1980年代让位于“抗议中的教育（education under protest）”战略，该战略试图将种族隔离机构转变为斗争场所。学生人数迅速增长，1971年，学院被授予大学地位。次年，新命名的德班-韦斯特维尔大学搬进了位于韦斯特维尔的现代化校园，成为主要的反种族隔离斗争的场所。 UDW于1984年成为一所自治机构，向所有种族的学生开放。

纳塔尔大学成立于1910年，当时是彼得马里茨堡（Pietermaritzburg）的纳塔尔大学学院（Natal University College），由于其人数的快速增长，课程范围广泛以及研究成就和机会，纳塔尔大学于1949年获得独立大学地位。到那时，NUC已经是一个多校区机构，在第一次世界大战后扩展到德班。霍华德学院建筑（Howard College building）于1931年开放，由T B Davis先生捐赠，他的儿子霍华德·戴维斯（Howard Davis）在第一次世界大战的索姆河战役（Battle of Somme）中丧生。 1946年，政府批准了彼得马里茨堡的农业学院，并于1946年在德班批准了非洲、印度和有色人种学生的医学院。

根据政府的高等教育重组计划，这两所夸祖鲁-纳塔尔大学是2004年第一批合并的南非机构之一，该计划最终将使南非的高等教育机构数量从36所减少到21所。 2002年12月内阁的一项决定确认了合并，合并是90年代初开始的关于高等教育部门改组的广泛协商进程的高潮。