密西根大学于1817年8月26日成立于底特律 。1817年，密西根大学由西北地区的法官在底特律创办成立，学校被称为学术大统殿（Catholepistemiad）或称为密西根尼亚大学（University ofMichigania，注：此为拉丁文校名，当时密西根州尚未成立 ）。牧师约翰·蒙特斯（John Monteith）是大学的创办人之一，也是大学的第一任校长。当时密西根正要脱离西北地区而自成一个州，加入美国联邦政府。城市安娜堡捐出40英亩土地，希望这块土地成为新的州的府的所在地。但是当兰辛（Lansing）被选定为州府所在地时，这片土地便捐赠给了密西根大学。

1837年3月迁至底特律市的卫星城安娜堡，是美国密西根州最早的高等学府，亦是美国历史最悠久的研究型大学之一。密西根大学共有三个校区，分别是安娜堡主校区，和两个规模较小的校区——迪尔伯恩卫星校区和弗林特卫星校区。一般而言，密西根大学的三个校区会分别被当成是三所不同的大学，而密西根大学唯指安娜堡主校区。在1837年，大学要搬迁至安娜堡要归功于州长史蒂文斯·T·梅森（Stevens T. Mason）。原来的40英亩土地成了如今中央校区的一部分。

1855年的密西根大学

1841年，由两个教授带领的包括六个新生和一个二年级的学生在内的安娜堡校区的第一堂课就这样开始了。

1845年，有十一个学生在安娜堡校区毕业，成为学校迁往安娜堡之后的首批毕业生。在此后的十年里，大学迅速发展，拥有了很多的院系，学生也随之增加。在早年的发展中，密西根大学摆脱了传统的英式古典教学理念，引入了欧陆（法国、德国）的教育理念的精华，和英国的古典理念结合。

约1855年，密西根州政府计划将密西根大学拆散，只保留并重点发展农学院，而其他学院迁往州内的其它城市，最终计划并没有实行，而州政府转而在密西根州首府兰欣另觅土地，开设了一所专门的农学院，即密西根州立大学的前身。密西根大学的农学院最后亦取消了农学院，由密西根州立大学的农学院继承事业。